Este órgano fue creado en 1945 y se integra por quince distinguidos miembros de la comunidad académica elegidos por el Consejo Universitario y, en ocasiones específicas, por la propia Junta. Entre sus facultades está la de nombrar al Rector y a los directores de las facultades, escuelas e institutos, así como designar a los miembros del Patronato Universitario.
Para ser miembro de la Junta de Gobierno es necesario ser mexicano por nacimiento, mayor de 35 y menor de 70 años, poseer grado universitario superior al de bachiller, haberse distinguido en su especialidad, prestar o haber prestado servicios docentes o de investigación a la UNAM o haber mostrado en otra forma interés en los asuntos universitarios y gozar de estimación general como persona honorable y prudente. La ley orgánica de la UNAM establece que el cargo es honorario y que el Consejo Universitario elegirá anualmente a un miembro de la Junta que sustituya al de más antigua designación.
La Junta celebra sesiones ordinarias una vez por mes y se reúne también cuando es convocada por su presidente, por el Rector o por cinco de sus miembros. Sesiona válidamente con la asistencia de la mitad más uno de sus miembros y toma sus decisiones por mayoría absoluta de votos de los concurrentes, salvo casos especiales como la elección de Rector, en la cual se requerirá una mayoría calificada de diez votos, o la designación de directores de facultades, escuelas e institutos, en la cual es indispensable una mayoría de ocho votos.
Tradicionalmente la Junta ha estado integrada por los más importantes personajes académicos del país en los distintos campos del saber; baste recordar que la primera Junta la integraron Jesús Silva Herzog, Mario de la Cueva, Mario Hernández, José Torres Torija, Manuel Gómez Morín, Ricardo Caturegli, Manuel Sandoval Vallarta, Antonio Martínez Báez, Alejandro Quijano, Ignacio Chávez, Alfonso Reyes, Gabino Fraga, Abraham González Ayala, Fernando Ocaranza y Federico Mariscal.